وأسندت النيابة إلى المتهم محمد مرسي وباقي المتهمين تهم ارتكاب جرائم الحصول على أسرار الدولة، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإفشائها إلى قطر والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية.